2018. 5. 23. 15:32ㆍ깜신의 통계 이야기
R에서 생존분석 따라하기 코드입니다.
#### Survival Analysis #####
require(survival)
data("colon")
View(colon)
colon <- na.omit(colon)
rm(colon1)
str(colon)
colon$TS <- Surv(colon$time,colon$status==1)
fit = survfit(TS ~ rx, data = colon)
plot(fit)
plot(fit,col=1:3, lty=1:3)
legend("topright", legend=levels(colon$rx), col=1:3, lty = 1:3)
###### Cumulative hazard Start #####
plot(fit, col=1:3, lty=1:3, fun ="cumhaz", mark.time=FALSE, ylab="Cumulative hazard")
legend("topleft", legend = levels(colon$rx), col=1:3, lty =1:3)
###### Cumulative hazard End #######
#### Log-rank test ####
survdiff(Surv(time, status ==1)~rx, data=colon)
#### Cox Regression #####
out = coxph(Surv(time, status ==1)~rx, data=colon)
summary(out)
###### Hazard ratios of all individual variables #####
colon$TS <- Surv(colon$time,colon$status==1)
out = coxph(colon$TS~rx, data=colon )
install.packages("moonBook")
require(moonBook)
attach(colon)
out = mycph(TS~.-id-study-time-status-etype, data=colon)
out2 =coxph(TS~. -id-study-time-status-etype, data=colon)
final =step(out2, direction = "backward")
HRplot(out, type =2, show.CI = TRUE)
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